Подход "кандидатных генов" и метаанализ при идентификации аллелей группы риска

2006 0

В последние 15 лет наблюдается экспоненциальный рост числа исследований, посвященных выявлению генов-кандидатов для возникновения ИБС. Однако отсутствие воспроизводимости данных по аллелям кандидатных генов и их связи с риском ИБС заронило сомнения среди представителей эпидемиологической генетики. Большая их часть относится все же к исследованиям какой-нибудь одной однонуклеотидной замены, которая может оказаться простым полиморфизмом и ничего не означать. В настоящее время подобные исследования сводятся к так называемому метаанализу, анализирующему ту или иную нуклеотидную замену во многих популяциях. За последние годы опубликовано несколько метаанализов (табл. 1).

Таблица 1

Список генных вариантов с опубликованными результатами по метаанализу риска развития ишемической болезни сердца. При нескольких проведенных анализах на одном и том же генном варианте показана только ссылка на последние результаты

Ген (варианты)	Генотип, ассоциированный с риском	Количество исследований (количество случаев)	Эффект (95% ДИ)	Ссылка
AT1R (1166А >С)	С+	27 (10,180)	1,13 (1,04- 1,23)	Ntzani et al., 2007
ММРЗ (5А/6А)	5А+	8 (3655)	1,26 (1,11- 1,4)	Abilleira et al., 2006
ММР9 (1562С >Т)	Т+	5 (4817)	1,11 (1- 1,3)	Abilleira et al., 2006
АроЕ ε2,ε3, ε4	ε2+ ε4+	121 (37,850)	0,8 (0,70- 0,90) 1,06 (0,99- 1,13)	Bennet et al., 2007
LTA (10G >А)	А+	7 (10,996)	1,09 (1,02- 1,16)	Clarke et al., 2006
LPL (N291S)	S+	21 (1203)	1,48 (1,09- 2)	Hu et al., 2006
AGT (Т174М) (М235Т)	М+ Т+	43 (13478)	1,07 (0,93- 1,22) 1,11 (1,03- 1,19)	Xu et al.. 2007
F5 (1691G >A) F7 (10976G >A) F2 (20210G >A) PAI1 (4G/5G) GP1A (807C >T) GP1BA (5T >C) GP3A (1565 C >T)	А+ А+ А+ 5G+ Т+ С+ Т+	60 (15,704) 24 (7444) 40 (11,625) 37 (11,763) 15 (6414) 14 (6652) 43 (16,984)	1,17 (1,08-1,28) 0,97 (0,91-1,04) 1,31 (1,12-1,52) 1,06 (1,02-1,1) 1,02 (0,97-1,08) 1,05 (0,96-1,13) 1,03 (0,98-1,07)	Ye et al., 2006
IL6 (174G >С)	С+	8 (4799)	1,12 (0,97- 1,29)	Sie et al., 2006
F13 (V34L)	L+	12 (8743)	0,79 (0,66- 0,93)	Shafey et al., 2007

Один из наиболее изученных генов кодирует плазменный аполипопротеин E, который называется ApoE. Наиболее распространенный ApoE-аллель - Е3. Также существуют два других варианта - Е4 и Е2 (распространенность данных аллелей среди жителей Европы составляет 0,15 и 0,07 соответственно). Изменения последовательности ДНК этого гена затрагивают две заряженные аминокислоты, которые влияют на плазменный клиренс белка и богатых ХС липопротеидов, несущих этот белок. Как следствие (рис. 1), существует связь данных аллелей с уровенем плазменных липидов (аллель E2 снижает их концентрацию, а Е4 - повышает), это приводит к тому, что алелль Е2 несколько снижает риск развития ИБС, а Е4 незначительно его повышает.

Метаанализ влияния генотипа ApoE на липиды плазмы и риск развития ИБС. Для каждого исследования контрольную группу составляли некурящие люди с генотипом ε3ε3. Изменено (с разрешения): Bennet A.M., Di Angelantonio E., Zheng Y. et al. Association of apolipoprotein E genotypes with lipid levels and coronary risk // JAMA. - 2007. - N. 298. - P. 1300-11.

Рис. 1. Метаанализ влияния генотипа ApoE на липиды плазмы и риск развития ИБС. Для каждого исследования контрольную группу составляли некурящие люди с генотипом ε3ε3.

Изменено (с разрешения): Bennet A.M., Di Angelantonio E., Zheng Y. et al. Association of apolipoprotein E genotypes with lipid levels and coronary risk // JAMA. - 2007. - N. 298. - P. 1300-11.

Silvia G. Priori, Carlo Napolitano, Steve E. Humphries и James Skipworth

Генетические аспекты сердечно-сосудистых заболеваний

Опубликовал Константин Моканов